A genome-wide association analysis for porcine serum lipid traits reveals the existence of age-specific genetic determinants
Manunza, Arianna (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Casellas Vidal, Joaquim (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments)
Quintanilla, Raquel (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments)
González Prendes, Rayner (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Pena i Subirà, Ramona Natacha (Universitat de Lleida. Departament de Producció Animal)
Tibau, Joan (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries)
Mercadé Carceller, Anna (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments)
Castelló Farré, Anna (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments)
Aznárez, Nitdia (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries)
Hernández Sánchez, Jules (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries)
Amills i Eras, Marcel (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments)

Data:	2014
Resum:	Background: The genetic determinism of blood lipid concentrations, the main risk factor for atherosclerosis, is practically unknown in species other than human and mouse. Even in model organisms, little is known about how the genetic determinants of lipid traits are modulated by age-specific factors. To gain new insights into this issue, we have carried out a genome-wide association study (GWAS) for cholesterol (CHOL), triglyceride (TRIG) and low (LDL) and high (HDL) density lipoprotein concentrations measured in Duroc pigs at two time points (45 and 190 days). Results: Analysis of data with mixed-model methods (EMMAX, GEMMA, GenABEL) and PLINK showed a low positional concordance between trait-associated regions (TARs) for serum lipids at 45 and 190 days. Besides, the proportion of phenotypic variance explained by SNPs at these two time points was also substantially different. The four analyses consistently detected two regions on SSC3 (124 Mb, CHOL and LDL at 190 days) and SSC6 (135 Mb, CHOL and TRIG at 190 days) with highly significant effects on the porcine blood lipid profile. Moreover, we have found that SNP variation within SSC3, SSC6, SSC10, SSC13 and SSC16 TARs is associated with the expression of several genes mapping to other chromosomes and related to lipid metabolism. Conclusions: Our data demonstrate that the effects of genomic determinants influencing lipid concentrations in pigs, as well as the amount of phenotypic variance they explain, are influenced by age-related factors.
Ajuts:	Ministerio de Ciencia e Innovación AGL2010-22358-C02-01 Ministerio de Ciencia e Innovación AGL2007-66371-C02-01 Ministerio de Ciencia e Innovación CSD2007-00036
Drets:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Llengua:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Matèria:	Animal model ; Lipids and lipoproteins ; Genome-wide analysis ; Gene expression
Publicat a:	BMC genomics, Vol. 15, N. 758 (September 2014) , p. 1-12, ISSN 1471-2164

DOI: 10.1186/1471-2164-15-758
PMID: 25189197

12 p, 237.4 KB

El registre apareix a les col·leccions:
Documents de recerca > Documents dels grups de recerca de la UAB > Centres i grups de recerca (producció científica) > Ciències > CRAG (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Articles > Articles de recerca
Articles > Articles publicats