Comparing the mRNA expression profile and the genetic determinism of intramuscular fat traits in the porcine gluteus medius and longissimus dorsi muscles
González Prendes, Rayner (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Quintanilla, Raquel (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries)
Mármol-Sánchez, Emilio (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Pena i Subirà, Ramona Natacha (Universitat de Lleida. Departament de Ciència Animal)
Ballester Devis, Maria (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries)
Cardoso, Tainã Figueiredo (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Manunza, Arianna (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Casellas Vidal, Joaquim (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments)
Cánovas, Angela (University of Guelph. Centre for Genetic Improvement of Livestock. Department of Animal Biosciences (Canada))
Díaz, Isabel (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries)
Noguera, José Luis (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries. Programa de cria i genètica d'animals)
Castelló Farré, Anna (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Mercadé Carceller, Anna (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments)
Amills i Eras, Marcel (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments

Data:	2019
Resum:	Background: Intramuscular fat (IMF) content and composition have a strong impact on the nutritional and organoleptic properties of porcine meat. The goal of the current work was to compare the patterns of gene expression and the genetic determinism of IMF traits in the porcine gluteus medius (GM) and longissimus dorsi (LD) muscles. Results: A comparative analysis of the mRNA expression profiles of the pig GM and LD muscles in 16 Duroc pigs with available microarray mRNA expression measurements revealed the existence of 106 differentially expressed probes (fold-change >1. 5 and q-value <0. 05). Amongst the genes displaying the most significant differential expression, several loci belonging to the Hox transcription factor family were either upregulated (HOXA9, HOXA10, HOXB6, HOXB7 and TBX1) or downregulated (ARX) in the GM muscle. Differences in the expression of genes with key roles in carbohydrate and lipid metabolism (e. g. FABP3, ORMDL1 and SLC37A1) were also detected. By performing a GWAS for IMF content and composition traits recorded in the LD and GM muscles of 350 Duroc pigs, we identified the existence of one region on SSC14 (110-114Mb) displaying significant associations with C18:0, C18:1(n-7), saturated and unsaturated fatty acid contents in both GM and LD muscles. Moreover, we detected several genome-wide significant associations that were not consistently found in both muscles. Further studies should be performed to confirm whether these associations are muscle-specific. Finally, the performance of an eQTL scan for 74 genes, located within GM QTL regions and with available microarray measurements of gene expression, made possible to identify 14 cis-eQTL regulating the expression of 14 loci, and six of them were confirmed by RNA-Seq. Conclusions: We have detected significant differences in the mRNA expression patterns of the porcine LD and GM muscles, evidencing that the transcriptomic profile of the skeletal muscle tissue is affected by anatomical, metabolic and functional factors. A highly significant association with IMF composition on SSC14 was replicated in both muscles, highlighting the existence of a common genetic determinism, but we also observed the existence of a few associations whose magnitude and significance varied between LD and GM muscles.
Ajuts:	Ministerio de Economía y Competitividad AGL2013-48742-C2-1-R Ministerio de Economía y Competitividad AGL2013-48742-C2-2-R Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2014/SGR-1528 Ministerio de Economía y Competitividad SEV-2015-0533 Ministerio de Educación y Ciencia FPU12/00860 Ministerio de Educación, Cultura y Deporte FPU15/01733 Ministerio de Economía y Competitividad RYC-2013-12573
Nota:	Altres ajuts: CERCA Programme/Generalitat de Catalunya
Drets:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Llengua:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Matèria:	Intramuscular fat ; Fatty acid content ; Genome-wide association analysis ; Duroc pig ; Gene expression
Publicat a:	BMC genomics, Vol. 20 (March 2019) , art. 170, ISSN 1471-2164

DOI: 10.1186/s12864-019-5557-9
PMID: 30832586

18 p, 2.1 MB

El registre apareix a les col·leccions:
Documents de recerca > Documents dels grups de recerca de la UAB > Centres i grups de recerca (producció científica) > Ciències > CRAG (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Articles > Articles de recerca
Articles > Articles publicats