Filtrado eficiente de secuencias de ADN
Salym, Zaina
Moure, Juan C, dir. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius)
Marco-Sola, Santiago, dir. (Universitat Pompeu Fabra)
Universitat Autònoma de Barcelona. Escola d'Enginyeria

Additional title:	Filtrat eficient de seqüències d'ADN
Additional title:	Efficient filtering of DNA sequences
Date:	2020
Abstract:	La secuenciación genómica es un avance científico clave que permite decodificar secuencias de ADN, detectar variaciones genéticas y diagnosticar enfermedades. En la actualidad existen una gran variedad de algoritmos que permiten encontrar mutaciones en secuencias genómicas. La mayoría de estos algoritmos de comparación de secuencias se basan en métodos de programación dinámica. Estos algoritmos presentan costes computacionales prohibitivos para la cantidad masiva de datos producida por los secuenciadores. El objetivo de este proyecto es acelerar los algoritmos de alineamiento de secuencias utilizando un método de pre-filtrado basado en el conteo de k-mers.
Abstract:	La seqüenciació genòmica és un avenç científic clau que permet descodificar seqüències d'ADN, detectar variacions genètiques i diagnosticar malalties. En l'actualitat hi ha una gran varietat d'algoritmes que permeten trobar mutacions en seqüències genòmiques. La majoria d'aquests algoritmes de comparació de seqüències es basen en mètodes de programació dinàmica. Aquests algoritmes presenten costos computacionals prohibitius per a la quantitat massiva de dades produïda pels seqüenciadors. L'objectiu d'aquest projecte és accelerar els algoritmes d'alineament de seqüències utilitzant un mètode de pre-filtrat basat en el recompte de k-Mers.
Abstract:	Genomic sequencing is a key scientific advance that allows decoding DNA sequences, detecting genetic variations, and diagnosing diseases. Nowadays, there is a great variety of algorithms that allow finding mutations in genomic sequences. Most of these algorithms for sequence comparison are based on dynamic programming methods. These methods present prohibitive computational costs in order to cope with the massive amount of data produced by modern sequencers. The goal of this project is to accelerate sequence alignment algorithms by using a pre-filtering method based k-mers counting.
Rights:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, i la comunicació pública de l'obra, sempre que no sigui amb finalitats comercials, i sempre que es reconegui l'autoria de l'obra original. No es permet la creació d'obres derivades.
Language:	Castellà
Studies:	Grau en Enginyeria Informàtica [2502441]
Study plan:	Enginyeria Informàtica [958]
Document:	Treball final de grau ; Text
Subject area:	Menció Enginyeria de Computadors
Subject:	Alineamiento ; Filtro ; ADN ; Kmers ; Bioinformática ; Alineament ; Filtre ; Bioinformàtica ; Alignment ; Filters ; DNA ; Bioinformatics

9 p, 509.6 KB

The record appears in these collections:
Research literature > Bachelor's degree final project > School of Engineering. TFG