Detecting the footprint of selection on the genomes of Murciano-Granadina goats
Guan, Dailu (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Martinez, Amparo (Universidad de Córdoba. Departamento de Genética)
Luigi Sierra, Maria Gracia (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Delgado Bermejo, Juan Vicente (Universidad de Córdoba. Departamento de Genética)
Landi, Vincenzo (University of Bari "Aldo Moro")
Castelló Farré, Anna (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Fernández Álvarez, Javier (Asociación Nacional de Criadores de Caprino de Raza Murciano-Granadina)
Such i Martí, Francesc Xavier (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments)
Jordana i Vidal, Jordi (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments)
Amills i Eras, Marcel (Centre de Recerca en Agrigenòmica)

Data:	2021
Descripció:	11 pàg.
Resum:	Artificial selection is one of the major forces modifying the genetic composition of livestock populations. Identifying genes under selection could be useful to elucidate their impact on phenotypic variation. We aimed to identify genomic regions targeted by selection for dairy and pigmentation traits in Murciano-Granadina goats. Performance of a selection scan based on the integrated haplotype score test in a population of 1183 Murciano-Granadina goats resulted in the identification of 77 candidate genomic regions/SNPs. The most significant selective sweeps mapped to chromosomes 1 (69. 86 Mb), 4 (41. 80-49. 95 Mb), 11 (65. 74 Mb), 12 (31. 24 and 52. 51 Mb), 17 (34. 76-37. 67 Mb), 22 (31. 75 Mb), and 26 (26. 69-31. 05 Mb). By using previously generated RNA-Seq data, we built a catalogue of 6414 genes that are differentially expressed across goat lactation (i. e. 78 days post-partum, early lactation; 216 days post-partum, late lactation; 285 days post-partum, dry period). Interestingly, 183 of these genes mapped to selective sweeps and several of them display functions related with lipid, protein, and carbohydrate metabolism, insulin signaling, cell proliferation, as well as mammary development and involution. Of particular interest are the CSN3 and CSN1S2 genes, which encode two major milk proteins. Additionally, we found three pigmentation genes (GLI3, MC1R, and MITF) co-localizing with selective sweeps. Performance of a genome-wide association study and Sanger sequencing and TaqMan genotyping experiments revealed that the c. 801C>G (p. Cys267Trp) polymorphism in the melanocortin 1 receptor (MC1R) gene is the main determinant of the black (GG or GC genotypes) and brown (CC genotypes) colorations of Murciano-Granadina goats.
Nota:	Altres ajuts: acords transformatius de la UAB
Drets:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Llengua:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Matèria:	Casein ; Coat color ; Ihs test ; MC1R ; Selective sweeps
Publicat a:	Animal Genetics, ISSN 1365-2052

Enllaç al dataset: https://ddd.uab.cat/record/245107
DOI: 10.1111/age.13113
PMID: 34196982

11 p, 1.0 MB

El registre apareix a les col·leccions:
Documents de recerca > Documents dels grups de recerca de la UAB > Centres i grups de recerca (producció científica) > Ciències > CRAG (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Articles > Articles de recerca
Articles > Articles publicats