A global analysis of CNVs in swine using whole genome sequence data and association analysis with fatty acid composition and growth traits
Revilla Sánchez, Manuel (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Puig-Oliveras, Anna (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments)
Castelló Farré, Anna (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Crespo-Piazuelo, Daniel (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Paludo, Ediane (Santa Catarina State University. Department of Animal Science)
Fernández, Ana I. (Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria (Espanya). Departamento de Mejora Genética Animal)
Ballester Devis, Maria (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries. Departament de Genètica i Millora Animal)
Folch, Josep M. (Centre de Recerca en Agrigenòmica)

Data:	2017
Resum:	Copy number variations (CNVs) are important genetic variants complementary to SNPs, and can be considered as biomarkers for some economically important traits in domestic animals. In the present study, a genomic analysis of porcine CNVs based on next-generation sequencing data was carried out to identify CNVs segregating in an Iberian x Landrace backcross population and study their association with fatty acid composition and growth-related traits. A total of 1,279 CNVs, including duplications and deletions, were detected, ranging from 106 to 235 CNVs across samples, with an average of 183 CNVs per sample. Moreover, we detected 540 CNV regions (CNVRs) containing 245 genes. Functional annotation suggested that these genes possess a great variety of molecular functions and may play a role in production traits in commercial breeds. Some of the identified CNVRs contained relevant functional genes (e. g. , CLCA4, CYP4X1, GPAT2, MOGAT2, PLA2G2A and PRKG1, among others). The variation in copy number of four of them (CLCA4, GPAT2, MOGAT2 and PRKG1) was validated in 150 BC1_LD (25% Iberian and 75% Landrace) animals by qPCR. Additionally, their contribution regarding backfat and intramuscular fatty acid composition and growth-related traits was analyzed. Statistically significant associations were obtained for CNVR112 (GPAT2) for the C18:2(n-6)/C18:3(n-3) ratio in backfat and carcass length, among others. Notably, GPATs are enzymes that catalyze the first step in the biosynthesis of both triglycerides and glycerophospholipids, suggesting that this CNVR may contribute to genetic variation in fatty acid composition and growth traits. These findings provide useful genomic information to facilitate the further identification of trait-related CNVRs affecting economically important traits in pigs.
Ajuts:	Ministerio de Economía y Competitividad AGL2014-56369-C2 Ministerio de Ciencia e Innovación AGL2011-29821-C02 Ministerio de Economía y Competitividad RYC-2013-12573
Nota:	Altres ajuts: Formació i Contractació de Personal Investigador Novell (FI-DGR) Ph.D grant from the Generalitat de Catalunya (ECO/1639/2013), Personal Investigador en Formación (PIF) PhD grant from the Universitat Autònoma de Barcelona (458-01-1/2011), Formació i Contractació de Personal Investigador Novell (FI-DGR) Ph.D grant from the Generalitat de Catalunya (ECO/1788/2014)
Drets:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Llengua:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Publicat a:	PloS one, Vol. 12, Num. 5 (May 2017) , art. e0177014, ISSN 1932-6203

DOI: 10.1371/journal.pone.0177014
DOI: 10.1371/journal.pone.017701
PMID: 28472114

17 p, 5.2 MB

El registre apareix a les col·leccions:
Documents de recerca > Documents dels grups de recerca de la UAB > Centres i grups de recerca (producció científica) > Ciències > CRAG (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Articles > Articles de recerca
Articles > Articles publicats