Genomic patterns of homozygosity and inbreeding depression in Murciano-Granadina goats
Luigi Sierra, Maria Gracia (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Fernández, Almudena (INIA. Departamento de Mejora Genética Animal)
Martinez, Amparo (Universidad de Córdoba. Departamento de Genética)
Guan, Dailu (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Delgado Bermejo, Juan Vicente (Universidad de Córdoba. Departamento de Genética)
Fernández Álvarez, Javier (Universidad de Córdoba. Departamento de Genética)
Landi, Vincenzo (University of Bari ''Aldo Moro". Department of Veterinary Medicine)
Such i Martí, Francesc Xavier (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments)
Jordana i Vidal, Jordi (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments)
Saura, María (INIA. Departamento de Mejora Genética Animal)
Amills i Eras, Marcel (Centre de Recerca en Agrigenòmica)

Data:	2022
Resum:	Inbreeding depression can adversely affect traits related to fitness, reproduction and productive performance. Although current research suggests that inbreeding levels are generally low in most goat breeds, the impact of inbreeding depression on phenotypes of economic interest has only been investigated in a few studies based on genealogical data. We genotyped 1040 goats with the Goat SNP50 BeadChip. This information was used to estimate different molecular inbreeding coefficients and characterise runs of homozygosity and homozygosity patterns. We detected 38 genomic regions with increased homozygosity as well as 8 ROH hotspots mapping to chromosomes 1, 2, 4, 6, 14, 16 and 17. Eight hundred seventeen goats with available records for dairy traits were analysed to evaluate the potential consequences of inbreeding depression on milk phenotypes. Four regions on chromosomes 8 and 25 were significantly associated with inbreeding depression for the natural logarithm of the somatic cell count. Notably, these regions contain several genes related with immunity, such as SYK, IL27, CCL19 and CCL21. Moreover, one region on chromosome 2 was significantly associated with inbreeding depression for milk yield. Although genomic inbreeding levels are low in Murciano-Granadina goats, significant evidence of inbreeding depression for the logarithm of the somatic cell count, a phenotype closely associated with udder health and milk yield, have been detected in this population. Minimising inbreeding would be expected to augment economic gain by increasing milk yield and reducing the incidence of mastitis, which is one of the main causes of dairy goat culling.
Ajuts:	Agencia Estatal de Investigación PID2019-105805RB-I00 Ministerio de Ciencia e Innovación CEX2019-000902-S Ministerio de Economía y Competitividad BES-C-2017-079709
Drets:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Llengua:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Matèria:	Goat ; Inbreeding ; Milk yield ; Murciano-Granadina ; Somatic cell score
Publicat a:	Journal of animal science and biotechnology, Vol. 13 (March 2022) , art. 35, ISSN 2049-1891

DOI: 10.1186/s40104-022-00684-5
PMID: 35264251

14 p, 3.2 MB

El registre apareix a les col·leccions:
Documents de recerca > Documents dels grups de recerca de la UAB > Centres i grups de recerca (producció científica) > Ciències de la salut i biociències > Grup de Recerca en Remugants (G2R)
Documents de recerca > Documents dels grups de recerca de la UAB > Centres i grups de recerca (producció científica) > Ciències > CRAG (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Articles > Articles de recerca
Articles > Articles publicats