Transcriptome innovations in primates revealed by single-molecule long-read sequencing
Ferrández-Peral, Luis (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona))
Zhan, Xiaoyu (BGI-Shenzhen)
Alvarez-Estape, Marina (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona))
Chiva, Cristina (Centre de Regulació Genòmica)
Esteller-Cucala, Paula (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona))
García Perez, Raquel (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona))
Julià, Eva (Centre de Regulació Genòmica)
Lizano, Esther (Institut Català de Paleontologia Miquel Crusafont)
Fornas, Òscar (Centre de Regulació Genòmica)
Sabidó, Eduard (Centre de Regulació Genòmica)
Li, Qiye (BGI-Shenzhen)
Marques-Bonet, Tomas 1975- (Institut Català de Paleontologia Miquel Crusafont)
Juan, David (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona))
Zhang, Guojie

Data:	2022
Resum:	Transcriptomic diversity greatly contributes to the fundamentals of disease, lineage-specific biology, and environmental adaptation. However, much of the actual isoform repertoire contributing to shaping primate evolution remains unknown. Here, we combined deep long- and short-read sequencing complemented with mass spectrometry proteomics in a panel of lymphoblastoid cell lines (LCLs) from human, three other great apes, and rhesus macaque, producing the largest full-length isoform catalog in primates to date. Around half of the captured isoforms are not annotated in their reference genomes, significantly expanding the gene models in primates. Furthermore, our comparative analyses unveil hundreds of transcriptomic innovations and isoform usage changes related to immune function and immunological disorders. The confluence of these evolutionary innovations with signals of positive selection and their limited impact in the proteome points to changes in alternative splicing in genes involved in immune response as an important target of recent regulatory divergence in primates.
Ajuts:	European Commission 864203 Agencia Estatal de Investigación CEX2018-000792-M Ministerio de Economía y Competitividad BFU2017-86471-P Instituto de Salud Carlos III PT17/0019 Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2017/SGR-595 Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2017/SGR-880
Drets:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Llengua:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Publicat a:	Genome research, Published in Advance July 15, 2022, ISSN 1549-5469

DOI: 10.1101/gr.276395.121
PMID: 35840341

16 p, 5.0 MB

Supplemental materials 56 p, 3.9 MB

El registre apareix a les col·leccions:
Documents de recerca > Documents dels grups de recerca de la UAB > Centres i grups de recerca (producció científica) > Ciències > Institut Català de Paleontologia Miquel Crusafont (ICP)
Articles > Articles de recerca
Articles > Articles publicats