Compositional covariance shrinkage and regularised partial correlations
Jin, Suzanne (Centre de Regulació Genòmica)
Notredame, Cedric (Centre de Regulació Genòmica)
Erb, Ionas (Centre de Regulació Genòmica)

Data:	2023
Resum:	We propose an estimation procedure for covariation in wide compositional data sets. For compositions, widely-used logratio variables are interdependent due to a common reference. Logratio uncorrelated compositions are linearly independent before the unitsum constraint is imposed. We show how they are used to construct bespoke shrinkage targets for logratio covariance matrices and test a simple procedure for partial correlation estimates on both a simulated and a single-cell gene expression data set. For the underlying counts, different zero imputations are evaluated. The partial correlation induced by the closure is derived analytically. Data and code are available from GitHub.
Drets:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, i la comunicació pública de l'obra, sempre que no sigui amb finalitats comercials, i sempre que es reconegui l'autoria de l'obra original. No es permet la creació d'obres derivades.
Llengua:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Matèria:	Compositional covariance structure ; Logratio analysis ; Partial correlation ; James-Stein shrinkage
Publicat a:	SORT : statistics and operations research transactions, Vol. 47 Núm. 2 (2023) , p. 245-268, ISSN 2013-8830

Adreça original: https://raco.cat/index.php/SORT/article/view/421905
DOI: 10.57645/20.8080.02.8

24 p, 1.1 MB

El registre apareix a les col·leccions:
Articles > Articles publicats > SORT
Articles > Articles de recerca